Ende 1949 tritt Trapp wieder dem Direktorium des Konservatoriums bei. Es erwarten ihn zahlreiche ungelöste Probleme, vor allem die schwierige Finanzierung. Trapp versucht wiederholt, jedoch erfolglos, die Stadt zur Übernahme des Konservatoriums zu bewegen. 1953 löst sich die »Händel-GmbH« auf, Trapp leitet das Konservatorium wieder alleine und gibt ihm seinen alten Namen wieder.
Als erfahrener Konservatoriumsdirektor hat Jakob Trapp einen klaren Blick auf die Position seines Instituts in der Gesellschaft.
In seinem pädagogischem Konzept hat ein Konservatorium viele unterschiedliche Aufgaben: Laien wie auch angehende Berufsmusiker auszubilden, Musiklehrer zu schulen, klassischen Musikern Unterhaltungsmusik z. B. den Jazz nahezubringen. Einen zusätzlichen Schwerpunkt setzt Trapp auf Angebote für Kinder und Jugend und auf die Volksmusik.
Trivia: Hans Posegga, der Komponist der Titelmelodie für die Sendung mit der Maus, war Lehrer am Trapp-Konservatorium und konnte so nach dem Krieg in der Musikwelt wieder Fuß fassen.