Jakob Trapp durchläuft 1945 wegen seiner Zugehörigkeit zur NSDAP das Entnazifizierungsverfahren. Zwar berichten Kollegen, Bekannte und Freunde einhellig, dass er keinesfalls die menschenverachtende Ideologie des NS gutgeheißen hätte. Doch auch Trapps vorwiegend musikalisches Engagement innerhalb des Systems spiegelt die gesellschaftliche Problematik im Umgang mit dem NS wider: Persönlicher Opportunismus, zumindest ein oberflächlicher Konsens mit der propagierten »Volksgemeinschaft«, reaktionär-antidemokratische Gesinnung verbunden mit einer selektiven Wahrnehmung der NSVerbrechen waren letztlich die Grundlagen einer weitgehend widerspruchslosen Duldung des NS.
Trapp wird im Zuge des von der amerikanischen Besatzung initiierten Befreiungsgesetzes und des Spruchkammerverfahrens als »Mitläufer« eingestuft und leistet eine »Sühnezahlung«. Weit schwerer wiegt für ihn jedoch, dass er zwischen 1945 und 1949 die Leitung seines Konservatoriums nicht fortführen kann. Interims-Direktoren werden das Institut als Händel- Konservatorium weiterführen.